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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
01/02/2018 |
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Data da última atualização: |
07/11/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GEISTLINGER, L.; SILVA, V. H. da; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. C.; WALDRON, L.; ZIMMER, R.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
Ludwig Geistlinger, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; Vinicius Henrique da Silva, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Polyana Cristine Tizioto, ESALQ/USP; Levi Waldron, University of New York; Ralf Zimmer, Ludwig Maximilians Universität München; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP. |
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Título: |
Widespread modulation of gene expression by copy number variation in skeletal muscle. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, n. 1399, p. 1-11, jan. 2018. |
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DOI: |
10.1038/s41598-018-19782-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Copy number variation (CNV) is a frequently observed deviation from the diploid state due to duplication or deletion of genomic regions. Although intensively analyzed for association with diseases and production traits, the specific mechanisms and extent by which such variations affect the phenotype are incompletely understood. We present an integrative study on CNV and genome-wide gene expression in Brazilian Bos indicus cattle. We analyzed CNVs inferred from SNP-chip data for effects on gene expression measured with RNA-seq in skeletal muscle samples of 183 steers. Local effects, where expression changes coincided with CNVs in the respective genes, were restricted to immune genes. Distal effects were attributable to several high-impact CNVs that modulated remote expression in an orchestrated and intertwined fashion. These CNVs were located in the vicinity of major skeletal muscle pathway regulators and associated genes were enriched for proteolysis, autophagy, and muscle structure development. From association analysis between CNVs and several meat quality and production traits, we found CNV-associated expression effects to also manifest at the phenotype level. Based on genome sequences of the population founders, we further demonstrate that CNVs with impact on expression and phenotype are passed on from one generation to another. |
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Palavras-Chave: |
Agricultural genetics; Nellore cattle. |
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Thesaurus Nal: |
gene expression. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
05/06/1997 |
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Data da última atualização: |
06/08/2019 |
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Autoria: |
CAMARGO, F. A. de O.; GIANELLO, C.; VIDOR, C. |
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Afiliação: |
FLÁVIO A. DE OLIVEIRA CAMARGO, Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS/Faculdade de Agronômia/Departamento de Solos; CLESIO GIANELLO, Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS/Faculdade de Agronômia/Departamento de Solos; CAIO VIDOR, Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS/Faculdade de Agronômia/Departamento de Solos. |
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Título: |
Tempo de hidrolise e concentração de ácido para fracionamento do nitrogênio orgânico do solo. |
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Ano de publicação: |
1997 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 32, n. 2, p. 221-227, fev. 1997. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Time of hydrolysis and acid concentration for fractionation of organic nitrogen. |
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Conteúdo: |
Foram estudados tempos de hidrolise (3,6,12,20,24 e 36h) e concentracoes de acido (HCl 1N, 3N e 6N) na recuperacao de formas organicas de N provenientes de substancias nitrogenadas conhecidas ou presentes no solo pelos metodos de "hidrolise continua" e "hidrolise sequencial". Os polimeros de maior peso molecular, como a quitina, necessitaram mais de 36 horas para a hidrolise completa. Houve maior decomposicao da glicosamina a medida que aumentou o tempo de hidrolise resultando em aumento da fracao amida. Houve pequena decomposicao da glicosamina a N-amonio na hidrolise com HCl 1N/3h, embora tenha havido hidrolise parcial da quitina a glicosamina. A recuperacao de N-amida foi completa nas hidrolises com HCL 1N/3h, HCL 3N/3h, HCL 6N/4h e HCL 6N/20h. A hidrolisecontinua nao foi eficiente para degradar os polimeros nitrogenados de maior peso molecular, alem de decompor acucares aminados. Neste trabalho, observou-se a necessidade da utilizacao de mais de uma hidrolise com tempo e concentracoes diferentes para a caracterizacao adequada de formas organicas nitrogenadas presentes no solo. |
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Palavras-Chave: |
Amide-N; Ammonium-N; Hexosamine-N; Hydrolysable-N; N-amida; N-amonio; N-hexosamina; N-hidrolisado; N-nao hidrolisado; Non hydrolysable-N; Podzolico vermelho-amarelo; Red-yellow podsol. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/AI-SEDE/14771/1/pabFEV12.pdf
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Marc: |
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773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 32, n. 2, p. 221-227, fev. 1997.
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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